Rattachée au Conseil synodal, la chancellerie de l'Eglise est placée sous la responsabilité du chancelier de l'Eglise. Elle comprend le service de la communication, le service juridique, le service de la chancellerie et le service de traduction. La chancellerie des Eglises fournit au Conseil synodal tous les éléments lui permettant de prendre des décisions, le décharge de ses tâches administratives et veille au suivi des dossiers dans les délais impartis. 

Le chancelier des Eglises est la personne de référence pour les responsables des six secteurs (Services centraux, Paroisses et formation, ŒTN-Migration, Diaconie, Catéchèse, Théologie) et le Synode.