Le logo stylisé englobe toute la symbolique de la croix huguenote. Il est composé d’une colombe, symbole du Saint-Esprit et de huit pointes renvoyant aux huit béatitudes. Chacun des trois paroisses jurassiennes, Delémont, Porrentruy, Franches-Montagnes, bénéficie d’une couleur distincte. Le logo de l’Eglise cantonale reprend la couleur de chacune d’elles.