Die bernische Reformation
Anfang 1528, vom 6. bis zum 26. Januar, fand die Berner Disputation statt, eine Versammlung von 800 Personen. Aufgeboten wurden alle Pfarrer zu Stadt und Land, freundlich eingeladen die eidgenössischen Stände und eine Reihe süddeutscher Städte. Die vier Bischöfe von Konstanz, Lausanne, Basel und dem Wallis wurden aufgeboten. Sie kamen nicht und verloren damit alle ihre Rechte in bernischen Landen.

Per obrigkeitliches Mandat vom 7. Februar 1528 wurde Bern reformiert, fünf Jahre nach Zürich. Man kann bis auf den heutigen Tag diesen Entscheid und seine Auswirkungen kaum überschätzen. Wäre Bern nicht reformiert geworden, hätten die bisher reformiert gewordenen Stände die Zukunft nicht bestehen können. Die Badener Disputation von 1526 hatte sie alle ins Unrecht versetzt. Vor allem aber wäre die weltweite Bewegung der reformierten Kirchen gar nicht entstanden. Mit dem Entscheid von Bern, reformiert zu werden, übernahm der damals mächtigste Stadtstaat nördlich der Alpen die später notwendig werdende Protektion der Genfer Kirche. Von hier aus wuchs die reformierte Kirche calvinistischer Prägung und breitete sich aus nach Schottland und die Niederlande, wurde zur Mutterkirche der französischen Hugenotten und fand weltweit den Weg nach Indien und Korea, in die USA und nach Canada. Vorauszusehen war dies zu Beginn des 16. Jahrhunderts noch nicht. Im Rückblick aber ist es angebracht, Berns Reformationsentscheid nicht nur theologisch, sondern vor allen Dingen kirchengeschichtlich zu würdigen.

Ohne Turbulenzen freilich ging auch in Bern die Reformation nicht ab. Weite Teile des Oberlandes lehnten den neuen Glauben vorerst ab, und den Täufern ging die Erneuerung der Kirche zu wenig weit. Die eigentliche Konsolidierung der neuen reformierten Kirche erfolgte erst vier Jahre später mit dem Berner Synodus von 1532. Er war die erste Kirchenordnung und die erste Dienstanweisung für die Pfarrschaft, die mit der Verpflichtung zur evangelischen Predigt vor ganz neuen Herausforderungen stand.

Die Zeit des Konfessionalismus
Auf die Reformation folgten sodann Jahre und Jahrzehnte der Konfessionalisierung. Auch die Berner Kirche schwenkte ein in die staatlich verordnete und überwachte Rechtgläubigkeit. Dadurch überstand sie zwar tapfer alle Angriffe der Gegenreformation, vertrieb und verfolgte umgekehrt ihrerseits die taufgesinnten Gemeinden.

Pietismus und Aufklärung
Neue Bewegung ins geistige Leben der Kirche brachte der Pietismus, dessen Gefühlserregtheit, aber auch dessen neue und vertiefte Frömmigkeit sich schon in der Mitte des 17. Jahrhunderts angekündigt hatten und der nach ersten Verfolgungen sich eingangs des 18. Jahrhunderts zu entfalten vermochte. Bern erlebte einen starken Pietismus, unterstützt und getragen von angesehenen Familien des bernischen Patriziates und zahlreichen hochgelehrten Persönlichkeiten. Der Pietismus mit seiner anfänglichen Frische, der Hinwendung zu lebendiger Frömmigkeit und Ausdruck des Bedürfnisses nach innigerer Gemeinschaft vermochte die Fesseln versteifter Dogmatik und erstarrter Kirchlichkeit zu sprengen.

Die Zukunft freilich gehörte der Aufklärung, die auch den Berner und die Bernerin geistig anzuleiten begann, nach Massgabe der Vernunft seiner/ihrer Bestimmung gemäss zu leben. Sie brachte mit sich die Freude an dem Neuen und dem Schönen, an der Natur und der Kultur. Ihre Moral war nicht mehr geprägt von lähmendem Sündenbewusstsein, sondern getragen von weltfreudiger Diesseitigkeit optimistischer Prägung.

Von der obrigkeitlichen Staatskirche zur verfassten Landeskirche
Das Verhältnis von Pietismus und Aufklärung in ihren Nachwirkungen führte später auch in Bern zu unnachgiebig und während Jahrzehnten hartnäckig ausgefochtenen theologischen und kirchenpolitischen Richtungskämpfen. Die kirchliche Einheit in Lehre und Leben gehörte endgültig der Vergangenheit an. Unter diesen ausserordentlich erschwerten Umständen suchte man im Laufe des 19. Jahrhunderts den Übergang zu finden von der mit dem Ende des Ancien Régime untergegangenen Staatskirche der Obrigkeit zur verfassten Landeskirche des Volkes. Diese war zwar nach wie vor gewillt, in engem Verhältnis zum Staat zu leben. In ihren eigenen Reihen wurde aber der Ruf nach mehr Freiheit und Selbstbestimmung in Lehre und Gottesdienst immer deutlicher. Der Staat bot Hand zu einer neuen Gesetzgebung in kirchlichen Angelegenheiten. Die Verfassung von 1846 gewährleistete einerseits die Rechte der evangelisch-reformierten Kirche, ebenso die Kultusfreiheit innerhalb der üblichen Schranken und versprach die Schaffung eines eigenen Gesetzes, das die Organisation der Synode regeln sollte. Dieses kam bald zustande und wurde als Gesetz über die Organisation der evangelisch-reformierten Kirchensynode vom Grossen Rat im Januar 1852 angenommen. Es bestimmte, dass die Synode die Landeskirche vertritt und aus den Abgeordneten sämtlicher Bezirke besteht. Die Synode entscheidet über die innerkirchlichen Angelegenheiten.

Damit war zwischen Staat und Kirche ein neues Verhältnis geschaffen, das in seinen Grundzügen bis heute Bestand hat. Der Staat regelt fortan auf dem Gesetzesweg die äusseren kirchlichen Angelegenheiten, die Kirche ihrerseits gibt sich eine Verfassung und bestimmt über innerkirchliche Angelegenheiten selbständig. Sie tut dies unter Wahrung und Respektierung der Vielfalt der in ihr vertretenen unterschiedlichen theologischen Richtungen und Glaubenshaltungen.

Nach Einführung der Reformation im eigenen Hoheitsgebiet unternahm Bern Anstrengungen, den neuen Glauben über seine Grenzen hinaus zu verbreiten. Der Blick fiel zunächst auf Solothurn. In den Gemeinden des Bucheckberges besass Bern gerichtliche Hoheiten. Im Vertrag von 1538 anerkannte Solothurn die Kirchenhoheit Bern in den Gemeinden Aetingen, Lüsslingen, Messen, Balm und in den zu bernischen Kirchgemeinden eingepfarrten Dörfern. Auch in nach wie vor altgläubigen Gemeinden setzte Bern evangelische Pfarrer ein wie in Egerkingen, Grenchen und Olten. In der Stadt Solothurn unterstützte Bern die Evangelischen, die eine Zeitlang die Mehrheit bildeten. Berchtold Haller predigte während mehr als drei Wochen täglich in Solothurn. Die Stadt wurde indessen 1533 wieder ganz katholisch.

1880 zählte die bernische Kirche 193 Kirchgemeinden, davon drei solothurnische. Heute sind es acht Kirchgemeinden im oberen Teil des Kantons Solothurn, die Glieder der Reformierten Kirchen Bern-Jura-Solothurn sind. Bisherigen Initiativen, diese Kirchgemeinde von Bern loszulösen und in die Kirche des Kantons Solothurn zu integrieren, war kein Erfolg beschieden. Die konfessionelle und kulturelle Zusammengehörigkeit des oberen Kantonsteils mit der bernischen Nachbarschaft ist stärker als die solothurnische Verbundenheit mit den weiter entfernt liegenden Gegenden von Olten, Kleinlützel und dem Schwarzbubenland.

Durch Beschluss des Wiener Kongresses 1815 wurde das Gebiet der «ancienne principauté épiscopale», die heutige Republik und Kanton Jura, in den Kanton Bern integriert. Bern wurde damit zum gemischtkonfessionellen Kanton. Neu zur Hauptstadt der Eidgenossenschaft erkoren hatte die Stadt Bern ausserdem dafür besorgt zu sein, dass für die eidgenössischen Parlamentarier aus katholischen Kantonen während den Sessionen die katholische Messe angeboten wurde. Als erste katholische Kirche nach der Reformation wurde Peter und Paul beim Rathaus erbaut. Anfänglich der römisch-katholischen Kirche zur Verfügung gestellt, wurde sie später christkatholisch. Mit der Gründung des Kantons Jura per 1. Januar 1979 entstand, öffentlich-rechtlich anerkannt, die Eglise évangélique réformée de la République et Canton du Jura mit den drei Kirchgemeinden Delémont, Porrentruy und Franches Montagnes. Sie bildet mit der Evangelisch-Reformierten Kirche des Kantons Bern den Synodalverband Bern-Jura. In die Synode der Reformierten Kirchen Bern-Jura-Solothurn entsendet die Kirche des Jura drei Delegierte.